愛するご主人様とメイドのMIKUの幸せな生活は突如、鳴り響いた警報によって終わりを告げた。謎の侵略者（機械獣）が外宇宙から侵攻してきたのだ。木星宙域に展開していた地球連邦軍は壊滅。謎の侵略者（機械獣）の侵攻は留まることを知らず、被害は拡大していく。人類が経験したことのない未曾有の危機に、MIKUのご主人様が立ち上がる。地球連邦政府直属極秘ロボット研究室に所属する天才ロボット工学者のご主人様、外敵に対抗する為に、MIKUを改造したのだ。水陸宇宙での行動を可能にし、数々の必殺技を身につけたMIKUはご主人様の期待と人類の未来を一身に背負い戦場へ赴く。圧倒的戦力を有する謎の侵略者（機械獣）との戦いが始まる。果たして人類の未来は！？